Основателем монастыря Бенчен, полное название Бенчен Пунцок Даргье Линг, был четвертый Сангье Ньенпа.
Первые трое Сангье Ньенпа жили в монастыре Джангчуб Чёкор Линг в Восточном Тибете. Четвертый Сангье Ньенпа прервал эту традицию. С юных лет он жил в большом монастыре Сурманг. Повзрослев он оставил его и переселился в расположенный неподалеку район Га. Ему там очень понравилось и он подумал, если появятся благоприятные знаки, то это было бы правильное место для строительства монастыря.
И так случилось, что однажды, остановившись у большого камня он увидел, что подлетел неведомо откуда взявшийся ворон, уселся на камне и начал громко каркать. Сангье Ньенпа подошел поближе, чтобы получше рассмотреть его, и увидел, что ворон выпустил из клюва фигурку из бирюзы и танцует вокруг нее. Оказалось, что это была статуэтка Махакалы Бернагчена – Защитника Учений Кагью. Сангье Ньенпа понял, что ворон является посланцем Махакалы. Это был исключительно благоприятный знак и мастер окончательно убедился в том, что именно в этом месте он должен построить монастырь. Он оставил себе статуэтку, чтобы в будущем поставить ее на монастырский алтарь.
Обратившись к владельцу этой местности, он рассказал свою историю и попросил подарить ему эту землю под строительство монастыря. Этой землей владела семья Радха. Глава семьи, до глубины души впечатленный и растроганный, отдал Сангье Ньенпе в распоряжение необходимую территорию включающую даже землю на которой он вел свое хозяйство и дал обещание оказывать всестороннюю помощь.
Однако, как только началось строительство, откуда ни возьмись появились бесчисленные грозы, бури, град и другие явления сдерживающие продвижение работ. Тогда Сангье Ньенпа понял, что необходимо обратиться к защите к божеству охраняющему проживающую до этого здесь семью. Оказалось, что защитником рода Радха является страж, по имени Шинг Кьонг. Для него был построен алтарь и Сангье Ньенпа погрузился в медитацию. Как только это сделал, все проблемы исчезли, как будто рукой сняло, и работы при строительстве монастыря без помех были завершены. А Шинг Кьонг до сегодняшнего дня остается особым Защитником Сангье Ньенпы и монастыря Бенчен.
Монастырь Бенчен в Восточном Тибете в течение столетий был главной резиденцией последующих воплощений Сангье Ньенпы Ринпоче, Бенчен Чиме Ринпоче и Тенги Ринпоче вплоть до вторжения китайцев в 1959 году когда здания были полностью разрушены. Тогда Девятый Сангье Ньенпа Ринпоче и Третий Тенга Ринпоче отправились в эмиграцию.
В 1982 году предыдущий Бенчен Чиме Ринпоче, который никогда не покидал Тибет, еще при жизни восстановил малый монастырский храм. В девяностые годы прошлого столетия было принято решение, чтобы отстроить главный храм монастыря Бенчен.
Реконструкция началась в 1996 году под руководством нынешнего Сангье Ньенпы Ринпоче и была закончена в 2002 году. В монастыре Бенчен в настоящее время постоянно проживает четвертый Бенчен Чиме Ринпоче. Также, несколько раз монастырь посетили Кьябдже Тенга Ринпоче и Его Высокопреосвященство Сангье Ньенпа Ринпоче. Оба передали монахам множество важных абхишек и учений. Монастырю принадлежат четыре ретритных центра, а также находящийся в нескольких километрах от монастыря храм, посвященный практике Нюнгне.